Transcription inverse de l’ARN du SARS-CoV-2 et intégration dans le génome humain

Une étude, passée inaperçue du grand public, sortie le 13 décembre 2020, tend à démontrer que le virus SARS-CoV-2 est capable d’une rétro-transcription qui viendrait modifier l’ADN du patient infecté. Ceci expliquerait pourquoi des patients déjà infectés, et guéris, excréteraient encore de l’ARN viral des semaines et des mois plus tard. La bizarrerie de ce virus ne laisse de surprendre et étonner encore.

La Rédaction d’E&R a traduit le résumé et l’introduction de cette longue étude, pour les mettre à la connaissance de ses lecteurs et du grand public en général.

À noter que le site bioRxiv, conscient du caractère très sensible des informations pouvant paraître dans leurs colonnes, en particulier sur le sujet du Covid19, s’est fendu d’un avertissement qui semble à notre sens bienvenu dans le sens où ce sujet est très technique et ne devrait pas prêter le flanc aux théories les plus fumeuses, mais ne devrait pas non plus être passé sous silence :

bioRxiv reçoit de nombreux nouveaux articles sur le coronavirus SARS-CoV-2. Un rappel : il s’agit de rapports préliminaires (pre-print) qui n’ont pas été examinés par des pairs (peer-review). Ils ne doivent pas être considérés comme concluants, ni guider la pratique clinique ou le comportement en matière de santé, ni être rapportés dans les médias comme des informations établies.

 Les rédacteurs de cette étude sont :

Liguo Zhang
Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA

Alexsia Richards
Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA

Andrew Khalil
Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA
John A. Paulson School of Engineering and Applied Sciences, Harvard University, Cambridge, MA, USA
Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering, Harvard University, Cambridge, MA, USA

Emile Wogram
1Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA

Haiting Ma
Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA

Richard A. Young
Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA
Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, USA

Rudolf Jaenisch
Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, USA

Résumé

L’excrétion prolongée de l’ARN du SARS-CoV-2 et la récurrence des tests PCR-positifs ont été largement rapportées chez les patients après leur guérison, même si ces patients sont le plus souvent non infectieux. Nous avons étudié ici la possibilité que les ARN du SARS-CoV-2 puissent faire l’objet d’une transcription inverse et être intégrés dans le génome humain et que la transcription des séquences intégrées puisse expliquer les tests PCR positifs.

À l’appui de cette hypothèse, nous avons trouvé des transcrits chimériques constitués de séquences virales fusionnées à des séquences cellulaires dans des ensembles de données publiés de cellules cultivées infectées par le SARS-CoV-2 et de cellules primaires de patients, ce qui correspond à la transcription de séquences virales intégrées au génome.

Pour corroborer expérimentalement la possibilité d’une rétro-intégration virale, nous décrivons les preuves que les ARN du SARS-CoV-2 peuvent être transcrits de manière inverse dans des cellules humaines par la transcriptase inverse (TI) à partir d’éléments LINE-1 ou par la TI du VIH-1, et que ces séquences d’ADN peuvent être intégrées dans le génome cellulaire et être ensuite transcrites.

L’expression endogène humaine de LINE-1 a été induite lors de l’infection par le SARS-CoV-2 ou par l’exposition aux cytokines dans des cellules en culture, ce qui suggère un mécanisme moléculaire de rétro-intégration du SARS-CoV-2 chez les patients. Cette nouvelle caractéristique de l’infection par le SARS-CoV-2 peut expliquer pourquoi les patients peuvent continuer à produire de l’ARN viral après leur guérison et suggère un nouvel aspect de la réplication des virus à ARN.

Introduction

Des tests PCR positifs continus ou récurrents pour le SARS-CoV-2 ont été signalés chez des patients des semaines ou des mois après la guérison d’une infection initiale. Bien qu’une réinfection de bonne foi du SARS-CoV-2 après la guérison ait été signalée récemment, des études de cohorte avec mise en quarantaine stricte des sujets guéris du COVID-19 ont suggéré que les cas de nouveaux positifs n’étaient pas dus à une réinfection. En outre, aucun virus capable de se répliquer n’a été isolé ou propagé à partir de ces patients PCR-positifs.

La cause d’une telle production prolongée et récurrente d’ARN viral est inconnue. En tant que virus à ARN à brin positif, le SARS-CoV-2 et d’autres bêta-coronavirus comme le SARS-CoV-1 et le MERS utilisent une ARN polymérase ARN-dépendante pour répliquer leur ARN génomique et transcrire leurs ARN sous-génomiques. Il est possible que les ARN du SARS-CoV-2 fassent l’objet d’une transcription inverse et s’intègrent dans le génome humain, et que la transcription des copies d’ADN intégrées soit responsable des tests PCR positifs.

Une activité de transcriptase inverse (TI) endogène a été observée dans les cellules humaines, et il a été démontré que les produits de la transcription inverse s’intègrent dans le génome. Par exemple, il a été démontré que les transcriptions de l’APP sont transcrites de manière inverse par la RT endogène, les fragments d’APP résultants étant intégrés dans le génome des neurones et transcrits. Les éléments humains LINE-1 (environ 17 % du génome humain), un type de rétrotransposons autonomes, sont une source potentielle de RT endogène, capables de se rétrotransposer eux-mêmes et d’autres éléments non autonomes tels que Alu.

L’article scientifique en entier (et en anglais) : bioRxiv.

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