02 septembre 2020

Tests PCR : la fabrique des cas positifs !



Le taux de mortalité par coronavirus est faible par rapport au taux d’infection élevé, car les tests standards diagnostiquent un grand nombre de personnes qui peuvent être porteuses de quantités « relativement insignifiantes » du virus, selon les experts.

Les experts de la santé disent que le test PCR – le test de diagnostic le plus utilisé pour le COVID-19 – devrait être ajusté pour exclure les personnes qui ont des traces ténues du virus dans leurs systèmes, car elles ne sont probablement pas contagieuses.

Aujourd’hui, le test PCR, qui fournit une réponse par oui ou par non si un patient est infecté, ne dit pas combien de virus un patient a dans son corps.

Les tests PCR analysent la matière génétique du virus par cycles et les tests d’aujourd’hui prennent généralement 37 ou 40 cycles, mais les experts disent que c’est trop élevé.

Moins il y a de seuils de cycle, c’est-à-dire le nombre de cycles nécessaires pour détecter le virus, plus il y a de virus dans l’échantillon.

Selon le New York Times, trois ensembles de données de test comprenant des seuils de cycle des tests COVID-19 compilés par des responsables du Massachusetts, de New York et du Nevada ont révélé que jusqu’à 90% des personnes testées positives ne portaient pratiquement aucun virus, selon le New York Times.

Le taux de mortalité par coronavirus peut être faible par rapport au taux d’infection élevé car les tests standard diagnostiquent un grand nombre de personnes qui peuvent être porteuses de quantités « relativement insignifiantes » du virus, selon les experts

Aujourd’hui, il y a 5,9 millions de cas de COVID-19 aux États-Unis et il y a plus de 182.000 décès.

Dimanche, les États-Unis avaient un taux de positivité quotidien de 8,62%, selon Johns Hopkins. L’Organisation mondiale de la santé a déclaré que les pays qui ont effectué des tests approfondis pour le COVID-19 devraient rester à 5% ou moins pendant au moins 14 jours avant de rouvrir.

Jeudi, les États-Unis ont enregistré 45.604 nouveaux cas de  positifs au coronavirus. Si les taux de contagiosité dans le Massachusetts et à New York devaient s’appliquer à l’échelle nationale, cela signifierait qu’environ 4 500 de ces personnes seulement pourraient avoir besoin de s’isoler et de participer à la recherche des contacts.

Les chercheurs affirment que la solution est l’utilisation encore plus répandue de tests rapides avec un seuil ajusté pour cibler les personnes les plus infectieuses atteintes de COVID-19.

Cette suggestion est contraire aux directives de test récemment mises à jour du groupe de travail sur le coronavirus de la Maison Blanche.

Lundi dernier, le CDC a modifié ses directives, qui stipulent maintenant que si vous étiez exposé mais que vous ne présentiez pas de symptômes, «vous n’avez pas nécessairement besoin d’un test, sauf si vous êtes une personne vulnérable» ou un médecin le conseille.

Auparavant, l’agence avait recommandé de se faire tester après tout contact étroit avec une personne confirmée infectée par le COVID-19.

Jeudi, l’administration Trump a annoncé qu’elle achèterait 150 millions de tests rapides, mais les médecins disent que le processus de test doit être changé

«La décision de ne pas tester des personnes asymptomatiques est vraiment en arrière. En fait, nous devrions intensifier les tests de toutes les personnes différentes, mais nous devons le faire à travers des mécanismes complètement différents », a déclaré au Times le Dr Michael Mina, épidémiologiste à la Harvard TH Chan School of Public Health.

Jeudi, l’administration Trump a annoncé qu’elle achèterait 150 millions de tests rapides, mais Mina dit que le processus de test doit être modifié.

«Nous utilisons un seul type de données pour tout, et c’est juste plus ou moins – c’est tout. Nous utilisons cela pour les diagnostics cliniques, pour la santé publique, pour la prise de décision politique », a déclaré Mina.

« Il est vraiment irresponsable, je pense, de renoncer à reconnaître qu’il s’agit d’un problème quantitatif », a ajouté Mina.

Une solution aux tests d’aujourd’hui pourrait être d’ajuster le seuil de cycle utilisé maintenant pour décider si un patient est infecté à un nombre inférieur.

La plupart des tests fixent la limite à 40, quelques-uns après 37, ce qui signifie que vous êtes positif pour le COVID-19 si le test nécessite jusqu’à 40 cycles, ou 37, pour le détecter.

Le seuil du test est si élevé qu’il détecte les personnes atteintes du virus vivant et celles qui ont peu de fragments génétiques qui sont restés d’une infection et ne présentent plus de risque, dit Mina. C’est comme trouver un cheveu dans une pièce après qu’une personne l’ait laissé.

Aujourd’hui, il y a 5,9 millions de cas de COVID-19 aux États-Unis et il y a eu plus de 182000 décès

Les experts disent qu’un seuil raisonnable pour le virus serait de 30 ou 35 cycles, selon Juliet Morrison, virologue à l’Université de Californie à Riverside.

Mina a dit qu’il fixerait le seuil à 30.

Le laboratoire d’État de New York, Wadsworth, a analysé les valeurs des seuils de cycle dans les tests de PCR COVID-19 déjà traités et a constaté en juillet que 794 tests positifs étaient basés sur un seuil de 40 cycles.

Avec un seuil de 35, environ la moitié de ces tests ne seraient plus considérés comme positifs. Environ 70% ne seraient plus jugés positifs si les cycles étaient limités à 30.

Dans le Massachusetts, de 85 à 90% des personnes testées positives en juillet avec un seuil de cycle de 40 auraient été considérées comme négatives si le seuil était de 30 cycles, a déclaré Mina.

« Je dirais qu’aucune de ces personnes ne devrait être retracée, pas une seule », a-t-il déclaré.

La Food and Drug Administration a déclaré qu’elle ne spécifiait pas les plages de seuils de cycle utilisées pour déterminer qui est positif et que «les fabricants et laboratoires commerciaux établissent les leurs».

Les Centers for Disease Control and Prevention ont déclaré qu’ils examinaient l’utilisation de mesures de seuil de cycle pour la «décision politique».

Le CDC a déclaré que ses propres calculs suggèrent qu’il est extrêmement difficile de détecter un virus vivant dans un échantillon au-dessus d’un seuil de 33 cycles.

« C’est juste un peu époustouflant pour moi que les gens n’enregistrent pas les valeurs CT de tous ces tests – qu’ils retournent juste un positif ou un négatif », a déclaré Angela Rasmussen, virologue à l’Université Columbia à New York.

«Ce serait une information utile de savoir si quelqu’un est positif, s’il a une charge virale élevée ou une charge virale faible», a-t-elle ajouté.

La FDA a noté que les personnes peuvent avoir une faible charge virale lorsqu’elles sont nouvellement infectées et qu’un test moins sensible manquerait ces infections.

Mina dit que ces personnes peuvent être testées à nouveau si c’est le cas.

Les personnes infectées par le COVID-19 sont les plus contagieuses un jour ou deux avant l’apparition des symptômes environ cinq jours plus tard.

Les experts en virologie disent qu’il faut désormais des tests rapides, bon marché et suffisamment abondants pour tester fréquemment tous ceux qui en ont besoin – même si cela signifie que les tests sont moins sensibles.

« Il n’attrapera peut-être pas toutes les personnes qui transmettent, mais il attrapera certainement les personnes les plus transmissibles, y compris les super-épandeurs. Cela seul conduirait pratiquement les épidémies à zéro », a déclaré Mina.

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