Variants omicron, où en est-on ?

Il y a un mois, je vous annonçais la première vague significative B4 qui devait arriver sans doute en Afrique du sud. Elle est bien arrivée, et son déclin est déjà très nettement amorcé.

Plus contagieux ?

Pas sûr. Trois fois moins de cas que la vague précédente, mais on ne peut strictement rien affirmer car la première vague, B1 et/ou B2 a touché beaucoup de monde, et avoir eu une infection B1 doit quand même un peu protéger des sous variants suivants. Il est difficile d’évoquer un taux de virulence sur un terrain plus ou moins immunisé par le même variant.

Plus virulent ?

Là on peut dire non. Trois fois moins de cas au pic, mais sept fois moins de décès, la courbe ayant peu varié.

On constate également que chaque nouvelle vague est de moins en moins létale. Effet de la vaccination qui protège des formes graves ? Rappelons que l’Afrique du Sud est un des pays les moins vaccinés au monde, trois fois moins que des pays comme le Portugal :

Portugal : j’en parle, car il y a quelques jours, on y signalait une vague B5 extrêmement forte, supérieure à toutes les autres, faisant suspecter un B5 nettement plus contagieux. Il s’agissait en fait d’un bug sur Our World in Data, qui a duré quelques jours. Après corrections, voici les dernières courbes :

Pour les décès, pas d’affolement, mais il manque encore un peu de recul, le pic de cas étant encore en cours, et il y a en général 15 jours de décalage pour les décès.

Ces chiffres Afrique du Sud et Portugal sont-ils importants comparés à la population ? Comparons avec la France à population égale :

Quelles conclusions en tirer ? La première vague omicron est à peu près identique dans les 3 pays en nombre de cas (l’Afrique du Sud teste très peu, donc moins de cas déclarés), également en ce qui concerne les décès, la létalité dans ces 3 pays est superposable.

À ce jour, le Portugal est le plus touché en nombre de cas et de décès, bien que le plus vacciné, et l’Afrique du Sud est le moins touché, bien que le moins vacciné.

Les leçons que l’on peut donc tirer de ces pays qui ont eu une vague identifiable avec les sous variants d’omicron, est que chaque nouvelle vague est moins forte, surtout moins létale, et que les vaccins actuels, toujours préparés avec une souche (Wuhan) vieille de deux ans qui a disparu, sont sans effets sur les nouvelles vagues, tant en ce qui concerne la diffusion que la protection des formes graves : avec B4 et B5, le Portugal, 3 fois plus vacciné que l’Afrique du Sud, a 5 fois plus de décès, alors que pour les B1, B2, la situation était plus ou moins identique. Ces sous-variants s’éloignent donc de plus en plus de la protection vaccinale. En sera-t-il de même ailleurs ? Chez nous quand B5 va se développer ? (Le R est remonté depuis une semaine, même s’il se trompe parfois).

Tout ceci est confirmé par des études en Afrique du Sud et au Japon.

Selon une nouvelle étude réalisée au Japon, le BA.4/5 est de plus en plus dominant non seulement en Afrique du Sud, mais aussi aux États-Unis et en France. L’étude japonaise a examiné la nouvelle variante et sa réaction à huit anticorps monoclonaux. L’étude a révélé que le BA.4/5 présente une plus grande résistance au traitement par anticorps que le BA.2. 

Une étude sud-africaine du Centre for Epidemic Response and Innovation de l’université de Stellenbosch estime que le BA.4/5 est plus contagieux que le BA.2 et qu’il s’est répandu plus largement en Europe que l’estimation japonaise. Cette étude sud-africaine différencie les variantes BA.4 et BA.5 par une mutation d’acide aminé, appelée F486V. Cette mutation est située sur la protéine spike du virus, près de l’endroit où la protéine se fixe sur le récepteur ACE2 des cellules hôtes pour les infecter. C’est justement à cet endroit précis que les vaccins COVID-19 et la réponse immunitaire des infections précédentes interviennent pour empêcher la maladie de s’installer, d’où la moindre protection contre ces sous-variants.

Nous pouvons également constater par ailleurs, que cela fait maintenant 6 mois que ne sont apparus que des sous-variants d’omicron, mais aucun nouveau variant à part entière. Pi n’a toujours pas montré le bout de son nez.

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