URGENT : La vaccination favorise la selection de variants plus contagieux échappant à la neutralisation vaccinale

Depuis quelques semaines les découvertes de nouveaux variants du coronavirus SARS-CoV2 se multiplient. Apparus au Royaume-Unis et en Afrique du Sud leur expansion inquiète la communauté internationale. Réaction de Jean-Michel Claverie.

Dans un post précédent, j’ai estimé par un calcul simple (de la vitesse de mutation connue), la fréquence probable avec laquelle des variants de la protéine S du virus (celle qui lui sert à s’accrocher à nos cellules) sont produits au cours d’une infection. Environ un virus sur les 1 000 produits par chaque cellule infectée possède au moins un changement dans la composition de la région critique qui gouverne l’interaction de la protéine S avec le récepteur ACE-2. En pleine pandémie, quand des millions de gens sont infectés, ces variants sont donc produits en masse et continuellement.

Dans un autre post, j’ai cité une étude d’un laboratoire israélien de renom, qui a évalué l’ensemble des variations (au hasard) du virus préservant sa capacité de coller au récepteur ACE-2. Leurs résultats sont clairs et inquiétants : le virus dispose de nombreuses possibilités dont certaines lui confèrent une capacité jusqu’à 600 fois plus grande d’interagir avec ACE-2. En clair, il faut 600 fois moins de variant de ce type que de virus « normal » pour déclencher une infection (vulgairement, il serait 600 fois plus contagieux)³.

A titre de comparaison, cette même étude a démontré que le variant « British », qui inquiète tant les gouvernements, a une affinité qui n’est augmentée que de 4 fois, et de 12 fois pour le variant « Sud Africain » [3]. Le virus a donc une réserve potentielle de nuisance (augmentation de sa contagiosité) extrêmement importante !

Le rôle de la vaccination

Dans une situation « naturelle » où la propagation du virus se fait au hasard, sans qu’on lui oppose une résistance autre que notre simple éloignement les uns des autres pour éviter la contagion, les variants gardent l’énorme handicap de leur rareté (1/1 000) qui rend difficile leur multiplication. Leur fréquence dans la population des virus circulants a donc peu de chance d’augmenter.

Ce n’est plus le cas si l’on cible les virus « standards » par des mesures qui diminuent leur efficacité de multiplication. C’est très précisément le cas de la vaccination, dont l’action recherchée est d’empêcher les virus dotés d’une protéine S standard d’interagir avec le récepteur (par la formation d’anticorps « neutralisants »).

La majorité des virus standards étant (statistiquement) bloqués, cela ouvre un « coupe-fil » aux variants de plus grande affinité pour le récepteur ACE-2, en particulier si leurs modifications les rendent moins reconnaissables par les anticorps vaccinaux (même un peu moins). La mise en œuvre de la vaccination initie donc un nouveau rapport de force, un processus de sélection, qui enclenche une course entre l’éradication des virus standards circulants, et leur remplacement progressif par les variants soit plus contagieux, soit échappant à la neutralisation vaccinale, soit les deux. Ce processus est grandement favorisé par le fait que les vaccins disponibles ne ciblent que la seule protéine (S) du virus, à la différence de l’immunité naturelle qui cible l’ensemble des composants de la surface des particules virales, rendant très improbable la survenue de mutations multiples seules capables de rendre les variants indétectables par le système immunitaire.

Ce qu’il ne fallait pas faire

Dans le cas de l’utilisation d’antibiotiques pour combattre les infections bactériennes, on sait qu’il faut frapper vite et fort, pour minimiser l’émergence de bactéries résistantes.

C’est ici que le bât blesse : dans l’affolement général, la plupart des gouvernements se sont lancés dans une campagne de vaccination générale sans anticiper les difficultés aussi bien industrielles que logistiques de sa mise en œuvre.

Industrielles, parce qu’on ne disposera avant longtemps d’un nombre de doses de vaccins suffisant pour les besoins de la planète (voir les problèmes de Pfizer), logistiques parce qu’on est dans l’incapacité de les acheminer rapidement dans tous les (grands) pays et que l’administration d’un vaccin simultanément à l’échelle nationale de toute une population (et non pas progressivement à chaque génération, comme c’est fait en routine) n’a jamais été pratiquée !

Nous voilà donc dans le pire des cas de figures pour l’émergence de variants : la génération lente et progressive d’une population de vaccinés « à moitié » protégés (par une demi-dose) participant involontairement mais activement à la sélection des variants.

En pleine pandémie active, les variants sont produits chaque jour en grande quantité, dans les non-vaccinés, puis sélectionnés/amplifiés au sein de la petite minorité des vaccinés faiblement protégés par une première dose. De plus, il semble probable que l’immunité acquise par le vaccin ne fait qu’éviter les formes sévères de la Covid-19 sans inhiber l’infection virale peu symptomatique (et donc la création de variants). La décision récente de retarder la seconde dose ne fait qu’empirer ce scénario, en augmentant la population des faiblement immunisés qui sont l’environnement de prédilection pour la création/sélection de variants résistants au vaccin.

Nous sommes donc dans la même situation qu’un traitement antibiotique insuffisant ou prématurément interrompu qui augmente la probabilité de l’émergence de bactéries résistantes.

Ce qu’il aurait fallu faire

Continuer de contrôler la pandémie (des virus standards) par les mesures barrières individuelles et la multiplication des tests suivie d’un isolement strict des cas positifs.

Malgré la pression populaire et médiatique, oser attendre d’avoir à notre disposition la totalité des doses de vaccins nécessaires à l’ensemble de la population, et d’avoir mis en place l’organisation industrielle et logistique nécessaire à leur administration générale dans le temps de plus court possible.

Même si seulement quelques-uns ont été détectés, de multiples variants encore non répertoriés circulent désormais, silencieusement amplifiés par la sélection vaccinale. La fermeture de nos frontières est bien trop tardive et ne pourra rien changer, car ils sont déjà partout, en plus ou moins grandes proportions. Notre seul espoir d’échapper à la succession de nouvelles vagues épidémiques de variants résistants au vaccin actuel ne dépend plus que d’une propriété intrinsèque de la protéine S du SARS-Cov2 : la proportion des formes modifiées capable à la fois d’échapper à la neutralisation vaccinale tout en conservant une affinité suffisante pour le récepteur ACE-2. C’est une donnée sur laquelle nous n’avons aucun contrôle.

Si elle est faible, nous finirons par nous débarrasser de la Covid-19, malgré notre erreur stratégique initiale. Si elle est forte, nous aurons à payer le prix de cette erreur initiale par des rebonds successifs d’épidémies causées par les variations subtiles du SAR-CoV2 jusqu’à ce qu’il en ait épuisé tout le répertoire. En combien de temps ?

Jean-Michel Claverie
PU/PH Emerite Aix-Marseille Université/APHM
Biostatistique/génomique
Institut de Microbiologie de la Méditerranée (AMU-CNRS)

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